Kakvoća proizvoda kontrolira se u svakoj fazi proizvodnje uz sveobuhvatne mikrobiološke kontrole. Suvremena tehnologija i kompjuterizirana proizvodnja omogućava konstantnu kontrolu kvalitete proizvoda što su prepoznali i svaki dan sve brojniji kupci. Upravo je briga o kvaliteti proizvoda, koja se prati od ulaska sirovina, u svakoj fazi proizvodnje, pa sve do izlaska proizvoda iz tvornice, najvažnija stavka Pan-pekova poslovanja.

Ulaskom u drugo desetljeće postojanja PAN-PEK je uveo i primjenjuje International Featured Standard, odnosno IFS normu, što je danas jedna od najpriznatijih normi za sektor hrane, a certifikat dodijeljen kao potvrda usklađenosti proizvoda sa zahtjevima te norme u trgovačkim krugovima predstavlja respektabilnu potvrdu ostvarenja visoke razine kvalitete i sigurnosti proizvoda. 

Također, PAN-PEK je nositelj HACCP certifikata (Hazard Analysis and Critical Control Points) za analizu postupka proizvodnje i kontrolu hrane, kojim je uređen proces pripreme proizvoda.

Razvijanje vlastitih i praćenje stranih tehnoloških procesa u proizvodnji pekarskih proizvoda, omogućuje nam neprekidno usavršavanje proizvodnje postojećih proizvoda, kao i razvoj novih.

Na ovaj način ne samo da našim partnerima i kupcima omogućujemo vrhunsku kvalitetu naših proizvoda već PAN PEK proizvodi imaju provjerene i jednolike karakteristike, kontinuirane i zajamčene kvalitete koju pretvaramo u prepoznatljive PAN PEK proizvode.